1415 wurde es im 2. Konzil von Konstanz der Entscheidung der Samogitier zur Annahme des Christentums zugestimmt. Der Großfürst Litauens Vytautas zusammen mit Bischöfen aus Vilnius und Lwiw haben im Jahre 1417 Tausende von Menschen getauft. Ortschaft Medininkai (heute Varniai) wurde zum Diözesenzentrum durch Vytautas selbst gewählt. In demselben Jahr wurde auch das Kathedrale von Medininkai geweiht und offiziell Samogitische Diözese als Abteilung der römisch-katholischen Kirche gegründet.
Später wurde die Verwaltung der Samogitischen Diözese durch einen energischen Bischof Merkelis Giedraitis übernommen. Er sorgte dafür, dass es in der Diözese Litauisch gesprochen wäre, litauisch sprechende Priester ausgebildet würden und unterstützte diejenigen, die Litauisch schreiben konnten. Er war derjenige, der den Domherrn Mikalojus Daukša (Herausgeber des ersten litauischen Buches) und Motiejus Strijkovskis (Autor der ersten gedruckten Geschichte Litauens) nach Varniai eingeladen hat. Versammlung von diesen drei ausgebildeten Menschen kann man als erste lituanistische Bewegung betrachten. Als im XIX. Jh. zaristische Administration Universität Vilnius geschlossen hat, blieb das Priesterseminar Varniai als eine von zwei in Litauen noch tätigen Hochschulen. Hier lernte und arbeitete Motiejus Valančius, Antanas Baranauskas, Antanas Strazdas, Jurgis Pabrėža u. a. Varniai als Samogitisches Diözesenzentrum wurde im XIX. Jh. ebenso zum Zentrum von Nüchternheit, Bildung und litauischer Kultur.
Museum der Samogitischen Diözese wurde im Hof des ehemaligen Samogitischen Priesterseminars in Varniai gegründet, der 1770 errichtet wurde. In der Nähe hat sich ein einstöckiges Holzhaus erhalten, in dem zu seiner Bischofstätigkeit Motiejus Valančius gewohnt hat. Ein bescheidenes Gebäude ähnelt keinesfalls einer bischöflichen Residenz, jedoch es als eine Lichtquelle im XIX. Jh. von besonderer Bedeutung sowohl für Samogitien als auch für das ganze Litauen war.
Nur für wenige ist bekannt, dass die beliebteste Freizeitsbeschäftigung des Bischofs die Gärtnerei war, die im XIX. Jh. in Gutshöfen und Pfarrerhäusern in Mode war. Neben dem Haus von M. Valančius, in dem er residierte, hat er mit eigenen Händen eine Pappelallee und einen Obstgarten gepflanzt, Tabbak und über 20 Arten von Heilkräutern gepflegt. Bis zu unserer Zeit wurde keiner von diesen Obstbäumer erhalten, jedoch die Stelle dieses ehelmaligen Gartens heißt immer noch Valančius-Garten.
Am Haus des Bischofs, in dem er residierte, wurde 1927 ein Denkmal für M. Valančius (Autor: Bildhauer Antanas Aleksandravičius) gebaut. 1951 wurde diese Büste durch die Handlanger der Okkupationsregierung abgebaut und zur Wiederverwertung abgegeben. Leiter des Verwertungsunternehmens Antanas Norkus hat die Büste zu Hause unter dem Fußboden versteckt und dort über 40 Jahre heimlich gehalten. 1990 wurde das Denkmal wieder auf der früheren Stelle montiert.
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